Ở ngựa có các màu lông cơ bản là hạt dẻ, hồng và đen. Sự dịch chuyển màu của ba màu cơ bản là do hiệu quả tương tác của các alen cùng xuất hiện. Màu "đen" (còn gọi là ô, đạm, khứu) chi phối bởi Melanocortin 1 receptor, theo đó màu "đen" ưu tính. Ngoài ra, còn có nhiều gen khác làm giảm bớt ưu tính của "đen", nên tạo ra một dải màu từ đen đậm (ô) đến xám.

Đối với ngựa một số đột biến khác nhau quy định cho những màu lông chính đã được phân lập. Màu hạt dẻ và đen là kiểu di truyền lặn (Ee. Ee và Aa. Aa), màu hạt dẻ lấn át màu đen. Do đó màu đen chỉ biểu hiện khi kiểu gen Extension khác với kiểu gen Ee. Ee. Trong phân tích gen ASIP, thông báo đột biến mất 11 bp được phát hiện ở dạng đồng hợp tử hoàn toàn có liên quan tới ngựa mang kiểu gen lặn màu lông đen.

Ở ngựa sự có mặt của 2 gen trội A và B cùng kiểu gen quy định lông xám, gen A có khả năng đình chỉ hoạt động của gen B nên gen B cho lông màu đen khi không đứng cùng với gen A trong kiểu gen. Ngựa mang 2 cặp gen đồng hợp lặn cho kiểu hình lông hung. Các gen phân li độc lập trong quá trình di truyền.Gen A có khả năng đình chỉ hoạt động của gen B, gen B chỉ biểu hện kiểu hình khi không đứng cùng với gen A trong cùng 1 kiểu gen. Gen A át chế hoạt động của gen trội B. Tính trạng màu lông ngựa là kết quả của hiện tượng tương tác át chế.